Varsin pian Hitlerin aloitettua toimintansa Martin Niemuller huomasi, mihin Saksa oli menossa. Jo 1933 hän oli organisoimassa pastorien turvallisuusrintamaa suojelemaan luterilaisia pappeja poliisilta. Vuodesta 1933 vuoteen 1937 hän työskenteli uutterasti vastustaessaan natsien toimintaa ja rotuoppeja.
Viimein hänet vaikutusvaltaisista ystävistä ja kansainvälisestä painostuksesta huolimatta vangittiin. Hän vietti pitkiä aikoja Sachsenhausenin ja Dachaun keskitysleireissä välttäen sodan loppuvaiheessa täpärästi teloituksen. Sodan jälkeen hän toimi mm Kirkkojen maailmanneuvoston tehtävissä. Hän kuoli Wiesbadenissa 6.3.1984.
Martin Niemullerin nimiin on merkitty kuuluisa maailmalla kiertelevä runo, joka vapaasti suomennettuna kuuluu:
”Ensimmäiseksi he alkoivat vainota ja vangita kommunisteja. En esittänyt vastalausetta, sillä en ollut kommunisti.
Seuraavaksi he ryhtyivät vainoamaan ja vangitsemaan juutalaisia. En esittänyt vastalausetta, sillä en ollut juutalainen.
Sitten he kävivät ammattiyhdistysten kimppuun. En esittänyt vastalausetta, sillä en kuulunut ammattiyhdistykseen.
Seuraavaksi olivat vuorossa katolilaiset. En esittänyt vastalausetta, sillä minä olen protestantti.
Sitten tuli minun vuoroni. Silloin ei ollut enää jäljellä ketään, joka olisi puhunut minun puolestani.”